Z powodu choroby i zagrożenia ze strony wojsk radzieckich nie udało się mu dotrzeć do stolicy, by wziąć udział w Powstaniu Warszawskim. Po powrocie do Warszawy jesienią 1944 r. próbował odnaleźć bliskich. Szukając siostry, dotarł do Stargardu Szczecińskiego. Tam mieszkał przez kilka następnych lat, kontynuując naukę. W szkole poznał nowych kolegów, którzy tak jak on mieli już doświadczenie partyzanckie. Został członkiem grupy Czesława Hołuba – Grupy Młodzieżowej Szczecin podległej organizacji Wolność i Niezawisłość Ruchu Oporu Armii Krajowej i działał pod pseudonimem „Trzynastka”.

W 1946 r. grupę rozpracowano, a jej członków skazano na wieloletnie więzienie. Jemu udało się uciec. Ujawnił się w czasie pierwszej amnestii w 1947 r. Wrócił do Warszawy, gdzie mieszkał do emerytury. W 1996 r. zdecydował się z żoną przenieść do Brwinowa. W 1990 r. został członkiem powstającego Stowarzyszenia Kombatanckiego Wolność i Niezawisłość. Obecnie pełni w nim funkcję Prezesa Zarządu Obwodu Warszawa oraz Sekretarza Rady do Spraw Kombatantów i Osób Represjonowanych działającej przy Kierowniku Urzędu do Spraw Kombatantów i Osób Represjonowanych. Odznaczony Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski.

Waldemar Kruszyński prowadzi bardzo szeroką działalność na rzecz utrwalania pamięci o Żołnierzach Wyklętych, członkach niepodległościowego podziemia, którzy przez komunistyczne władze PRL zostali „wyklęci” i wyrzuceni poza margines społeczeństwa. Wspiera środowiska kombatanckie nie tylko w Polsce, ale także na Litwie, Ukrainie i Białorusi. W trosce o to, aby pamięć o żołnierzach AK i WiN nie zaginęła, wyszedł z inicjatywą włączenia do działalności środowiska kombatanckiego młodzieży szkolnej. Podejmując współpracę z brwinowskimi szkołami był organizatorem rajdu „Śladami II Konspiracji”, podczas którego młodzież szkolna miała możliwość poznania żyjących uczestników tamtych wydarzeń. Waldemar Kruszyński organizuje także spotkania młodzieży z pracownikami IPN-u i kombatantami, dzięki czemu historia ma dla młodych ludzi inny wymiar, staje się bliższą i bardziej zrozumiałą. W każdym roku szkolnym uczniowie wyróżniający się nauce i działalności społecznej są nagradzani książkami przekazanymi szkołom przez Waldemara Kruszyńskiego.